商家在申请京东POP主体变更时，需准备并提交以下资料：

控股或实际控制关系证明：提供转让方与受让方间的控股或实际控制关系证明截图，需包括市场监督管理部门网站的股东截图，以及加盖双方公司红章的法律意见书。

品牌授权文件：受让方需提供相应的品牌授权文件，确保其在变更后有权继续经营相关品牌商品。

主体变更确认函：需准备一份主体变更确认函，并加盖转让方与受让方公司红章，明确双方对主体变更的认可及确认。

主体变更承诺函：另需准备主体变更承诺函，加盖双方公司红章，承诺在主体变更后承担相关法律责任及义务。

提交以上资料后，京东将进行审核，确保资料的真实性和完整性。